Το Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής, Ψυχολογίας του Ε.Κ.Π.Α. οργανώνει και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 1999-2000 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Φιλοσοφία με τις κατευθύνσεις «Συστηματική Φιλοσοφία» και «Ιστορία της Φιλοσοφίας», δυνάμει της υπ’ αριθμόν Β7/157/21.4.1999 υπουργικής απόφασης (ΦΕΚ 650/17.5.1999).

Κατά το ακαδημαϊκό έτος 2004-2005 στις υφιστάμενες προσετέθη η κατεύθυνση «Ηθική», σύμφωνα με την υπουργική απόφαση 147445/Β7 (ΦΕΚ 1920/24.12.2004), η οποία και αντικατέστησε την παλαιότερη.

Με την αντικατάσταση της υπουργικής απόφασης υπ’ αριθμ.: Β7/157/21.4.1999 (ΦΕΚ 650/τ.Β΄/17.5.1999), όπως αντικαταστάθηκε με τις υπ’ αριθμ.: Β7/147445 (ΦΕΚ 1920/τ. Β΄/24.12.2004), Β7/118034 (ΦΕΚ 214/τ.Β΄/22.2.2007), Β7/36928/24−03−2008 (ΦΕΚ 579/τ.Β΄/04−04−2008) και Β7/13623/23−03−2009 (ΦΕΚ 583/τ.Β΄/31−03−2009) υπουργικές αποφάσεις, που αφορά στη λειτουργία Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Φιλοσοφία» λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2015-2016 (ΦΕΚ 906/ τ. Β’ /19.06.2015)  αναμορφωμένο σύμφωνα με τις διατάξεις της απόφασης αυτής και του Ν. 3685/2008. Περισσότερες πληροφορίες υπάρχουν στον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας του Π.Μ.Σ «Φιλοσοφία».